CIUDAD DE MÉXICO.
En el año 2014, recibió la oportunidad de desempeñarse por primera vez en el cargo de Director Operativo del Club Deportivo Guadalajara, gracias a su filosofía e idea futbolística.
Ya con el derecho ganado para disputar la serie por llegar al máximo circuito de la Liga MX, Puente del Río obtuvo el ascenso venciendo a Dorados de Sinaloa, con un marcador global de 3-2, el 20 de mayo de 2017.
Su llegada a la Liga MX, permitió conocer a un estratega entregado a sus convicciones ideológicas y futbolísticas. Un estilo atrevido, que busca agradar a la tribuna, pero que apela a los valores primarios del juego, fueron el sello que caracterizó a sus dirigidos, mismo con el que obtuvieron una cosecha de 23 puntos y se quedaron muy cerca de conseguir la clasificación a la fiesta grande del futbol mexicano.
El día de hoy, Rafael Puente del Río, se une a las filas del Querétaro,un rostro joven y refrescante en el futbol mexicano, con el que se planea alcanzar los objetivos que el club sea planteado , para darle a sus fieles seguidores, todas las alegrías que se merecen.